Peroxidul de hidrogen de calitate alimentară este un dezinfectant de înaltă eficiență și cu spectru larg în ordinea dezinfectanților. Deoarece nu lasă reziduuri dăunătoare după dezinfectare și sterilizare, a devenit un aliment sigur, verde și sănătos.
Moleculele hidroxil din peroxidul de hidrogen de calitate alimentară și derivații săi pot acționa direct asupra membranei structurale exterioare a bacteriilor, distrugând bariera de permeabilitate a bacteriilor și distrugând sistemul de echilibru material din interiorul și exteriorul bacteriilor și provocând moartea. Moleculele hidroxil libere de peroxid de hidrogen pot reacționa direct cu proteinele și acizii nucleici ai microorganismelor, provocând distrugerea structurii acestora și ducând la moarte.
Studiile au descoperit, de asemenea, că produsele de descompunere a peroxidului de hidrogen pot inhiba sistemul enzimatic bacterian și pot reacționa cu aminoacizii din lanțul proteic enzimatic.